Мониторинг соевых агроценозов на Дальнем Востоке показывает, что в последнее десятилетие наблюдается значительная дестабилизация фитосанитарного состояния посевов культуры. Если применение гербицидов в посевах сои фактически стало обязательным приемом, то объем протравливания семян сои не превышает 50% от необходимого, а обработки вегетирующих растений фунгицидами практически полностью отсутствуют (Мороховец В.Н., Лукьянович Т.И., 2009).

Соя слабо конкурирует с высокорослыми сорняками. После посева сои рекомендуется проводить боронование по всходам: к примеру, широко встречающийся в посевах сои шерстяк волосистый, который имеет слабую корневую систему и плохо поддаётся уничтожению гербицидами, легко уничтожается помощью боронования. Большую часть сорных растений невозможно уничтожить боронованием, необходимо применять гербициды. Наличие 420-572 сорняков на м2 в контрольном варианте позволило сформировать только 6,8 ц/га урожая семян: снижение уровня засоренности посевов при обработке их гербицидами увеличивало урожайность сои на 52,9-73,5% (Алексеева Т.А., 2009).

В зависимости от условий года, засоренности поля и используемой технологии возделывания, система ухода за посевами может включать разный набор агроприемов. На сильно засоренных полях до всходов (перед боронованием) рекомендуется внести почвенные гербициды (если их не внесли до посева). Создание сплошного гербицидного экрана необходимо на обычных рядовых посевах, а на широкорядных – возможно ленточное внесение почвенного гербицида в зону рядка. Основные вредители сои: люцерновая совка, окациевая огневка, клубеньковый долгоносик, соевая полосатая блошка, паутинный клещ, соевая плодожорка.

В зоне Дальнего Востока на сое зарегистрировано более 30 возбудителей грибковых заболеваний, от развития которых снижается урожай и ухудшается качество соевых бобов. Наиболее вредоносными для культуры являются заболевания корней и прикорневой части стебля. Основные болезни сои: фузариоз, бактериоз, аскохитоз, септориоз, пероноспороз (ложно-мучнистая роса), мозаика, розовая плесень, альтернариоз. Фузариоз (Fusarium oxysporum, F. gibbosum) в период вегетации проявляется в виде некроза семядолей, гибели точки роста, корневых гнилей, увядания, пятнистости листьев, загнивания стеблей бобов и семян. Розовая плесень (Тrichothecium roseum) в период вегетации на всех надземных органах проявляется в виде войлочного налета сначала белого, а затем ярко-розового цвета. Особенно сильно болезнь развивается во время созревания сои в сырую погоду. Альтернариоз (Alternaria tenuis) проявляется в виде пятнистости листьев. Бактериоз в период вегетации проявляется в виде пятнистости листьев. Может наблюдаться замедленный рост и деформация тканей. Потери урожая сои от сорняков на юге Дальнего Востока могут достигать 6,2-15,9 ц/га, или 50-86% (Васильев Д.С. и др., 1986).